비영리법인의 고정자산 양도차익 계산방법

비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계로 전입된 후 양도된 경우, 양도손익의 계산 시 차감되는 장부가액은 자산이 수익사업회계로 전입될 당시의 시가가 아니라, 그 자산의 취득 당시 매입가액이라는 대법원 판결이 나왔다.

종교단체인 원고는 1992년 토지를 매수해 소유권등기를 마쳤고, 그 토지 중 분할된 일부를 2001년 다른 법인에게 양도했으며, 2011년 이 사건에서 문제된 토지(쟁점 토지)를 또 다른 법인에게 양도했다.

그러자 과세관청은 쟁점 토지의 양도차익을 '고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입'으로 보아 법인세를 부과했다.
 
위 사건에서 원고는 쟁점 토지에 관하여 비과세대상인 '처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한' 경우(법인세법 시행령 제2조 제2항)에 해당하지는 않았던 것으로 보인다.
 
이에 원고는 법인세 부과처분의 취소소송에서, 쟁점 토지의 양도소득 전체가 비과세되는 것은 아니더라도, 과거 고유목적사업에 제공한 기간의 평가이익은 비과세될 수 있도록 취득가액을 산정해야 한다는 취지로 주장했다.

즉, 원고는 쟁점 토지를 고유목적사업에 사용하다가 2006. 1. 9. 수익사업에 전입하였으므로, 법인세법 시행규칙 제76조를 유추적용해 원고가 쟁점 토지를 수익사업에 전입한 2006. 1. 9. 쟁점 토지를 취득한 것으로 보아, 그 시점의 장부가액이 이 사건 토지의 양도가액에서 공제돼야 한다고 주장했다.
 
그러나 대법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고, 위 사건에서 양도손익의 계산 시 공제되는 취득가액은 1992년 쟁점 토지의 매입당시의 가액이라는 취지로 판시했다. 

양도손익의 계산 시 공제되는 장부가액은 취득당시의 매입가액 등을 기초로 하되, 기업회계에 따른 장부가액이 아니라 세무회계에 따른 장부가액을 의미하고, 자산의 취득 후 기업회계 상 평가차익이 발생하였더라도 자산의 장부가액에 반영할 수 없다는 것이다.

그리고 이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도(법인세법 시행규칙 제76조 제4항) 마찬가지라고 판단했다. 

위 사건에서 '과거에 고유목적사업에 직접 사용한 기간의 평가차익'을 양도손익에서 공제할 것인지, 또는 그렇게 유추적용할 것인지 여부는, 애초에 우리 세법이 '처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한' 경우를 비과세로 규정한 입법취지와 관련돼 있다.

현행 세법상 자산의 양도차익이 비과세되기 위하여, 반드시 자산의 취득시부터 처분시까지 계속하여 고유목적사업에 사용되었을 것이 요구되지 않고, 처분일부터 소급(역산)하여 3년 전의 시점에서 3년 이상 계속하여 처분일까지 고유목적사업에 직접 사용되었으면 족한 것으로 해석된다.

그렇다면, 가령 자산의 취득 후 처음 2년간은 수익사업에, 그 다음의 3년간은 고유목적사업에 사용한 후 양도한 경우에는, 고유목적사업에 사용된 기간뿐만 아니라 수익사업에 사용된 기간에 발생한 가치증가분까지 포함한 전체 양도차익이 비과세 된다.

이에 비해 처음 3년간은 고유목적사업에, 그 다음의 2년간은 수익사업에 사용한 후 양도한 경우에는 전체 기간에 발생한 가치증가분이 모두 과세대상이 되므로, 다소 불균형한 느낌이 없지 않다.

그러나 입법자의 의사는 어디까지나 양도(처분) 당시의 이용 상황을 중시하겠다는 취지로 보이고, 그런 의미에서 비과세 대상을 고유목적사업에 사용된 기간에 발생한 가치증가분뿐만 아니라 수익사업에 사용된 기간에 발생한 가치증가분까지 포함시킨 것으로 해석된다.

만일 비과세의 대상이 고유목적사업에 사용된 기간에 발생한 가치증가분에 국한되었다면, 원고의 주장에 좀 더 설득력이 있었을 것이나, 현행 세법은 그러한 태도를 취하지 않고 있다.

이러한 법인세법의 태도를 고려할 때 대법원의 판단은 수긍할 수 있는 것이라고 생각한다. [대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722]