사례 1) 조사일 종료 전에 납세자가 '세무조사 기간 연장 통지'를 수령하지 못한 경우, 연장된 조사는 '세법에 위반된 조사'로 판단하여 조사중지 의결 (납세자보호위원회)
□ 사실관계
OO세무서 조사팀이 신청법인에 대한 조사기간 연장승인을 받아 연장조사를 하던 중 청구법인이 과도한 세무조사라고 해 권리보호를 요청함.
□ 납세자보호담당관(위원회) 처리내용
납세자보호담당관은 사실관계를 파악하는 과정에서 조사기간 종료 후에 세무조사 기간연장 통지서가 송달된 사실을 확인하고 심리서류에 적극적으로 반영하여 납세자보호위원회에 상정하였음.
납세자보호위원회는 그 사실을 심의하여 세무조사 중지(세법에 위반된 조사) 의결함.
□ 처리결과
이에 대해 국세청 납세자보호관이 세무조사 중단 시정명령을 통해 조사팀을 철수시킴으로서 납세자 권익을 보호함.
사례 2) 부친으로부터 매매로 취득해 양도한 부동산에 대해 양도세 조사 시 취득관련 증여세를 과세한 사실이 있으므로 증여세 조사는 중복된 조사로 보아 조사중지 의결 (납세자보호위원회)
□ 사실관계
신청인이 2003년에 부친으로부터 매매로 취득하고 2005년에 양도한 부동산에 대하여 A세무서가 2009년에 양도소득세 세무조사 결과, 취득부분에 대해 증여세를 과세한 사실이 있음.
이후 2014년에 B세무서가 증여세 조사를 착수하자 중복조사라 하여 권리보호를 요청함.
□ 납세자보호담당관(위원회) 처리내용
납세자보호담당관은 심리서류에 A세무서 양도소득세 조사 시 부동산 취득관련 증여세를 부과한 경위 및 사실관계 등을 명확하게 반영하여 납세자보호위원회에 상정하였음.
납세자보호위원회는 그 사실을 심의하여 세무조사 중지(중복된 조사) 의결함.
□ 처리결과
이에 대해 국세청 납세자보호관이 세무조사 중단 시정명령을 통해 조사팀을 철수시킴으로서 납세자 권익을 보호함.
사례 3)납세자 소명지연을 이유로 과도하게 장기간 조사중지 중인 건에 대해 조속히 조사재개 하여 진행할 것을 시정요구하여 즉시 조사재개 및 잔여기간 조사 후 종결 (납보담당관)
[사건요지] 세무조사과정에서 납세자의 소명지연을 이유로 과도하게 장기간 조사중지 중인 건에 대해 납세자보호담당관이 조사재개 시정요구를 통해 납세자 권리보호
[사실관계] OO세무서는 신청법인에 대해 2014년 7월 무자료매출 과세자료와 관련해 법인세 통합조사를 착수하였으며, 신청법인(조사대상 법인)이 무자료 매출사실을 부인하고 당초 과세자료를 발생시킨 상대거래처도 무자료 매입사실을 번복함에 따라, 조사팀은 사실관계를 전면 재확인하기 위해 3차에 걸쳐 100일을 조사중지 함.
납세자보호담당관은 과세사실판단자문신청 처리과정에서 장기간 조사중지 된 사실을 인지하였으며, 이는 납세자의 권리를 침해한 것으로 판단하여 조사과에 조속히 조사재개해 진행할 것을 시정요구함으로써 납세자 권익보호
