농협, 수협 등 단위조합법인들의 법인세 부담이 늘어날 전망이다. 이들에 대해 법인세를 과세할 때 당기순이익 할인항목이 대폭 줄어들 것으로 보이기 때문이다.
정부는 6일 이 같은 내용을 포함한 2015년 세법개정안을 발표, 관련 15개 법률개정안(국세기본법 등)을 입법예고 및 차관회의, 국무회의를 거쳐 9월11일까지 국회에 제출할 방침이라고 밝혔다.
기존에는 매출 100억원 이하 농협, 수협, 산림조합, 신협, 새마을금고, 중소기업협동조합, 엽연초생산협동조합, 소비자생활협동조합 등 8개 단위조합법인의 세금 경감 및 기관 편의를 제공하기 위해 당기순이익 과세제도와 저율 과세라는 특혜를 부여했다.
당기순이익 과세제도는 법인세 계산 시, 당기순이익에서 기부금, 접대비, 과다경비, 업무무관비, 지급이자, 대손금, 대손충당금, 퇴직급여충당금 등을 차감한 금액을 기준으로 과세하는 것을 말한다. 일반기업들은 각 사업연도소득을 익금총액에서 손금총액을 직접 차감해 계산하도록 규정하고 있다.
또 일반법인이 법인세 과세 시, 2억원 이하 10%, 2억원~200억원 이하 20%, 200억원 초과액에 대해 22%의 3단계 누진세율을 적용받는 것과 달리 단위조합법인은 20억원 이하 9%, 20억원 이상 12%의 2단계 단일세율을 적용하는 것도 차이점이다.
하지만 일각에서는 단위조합법인이 일반 중소기업과 비교해도 과도한 특혜를 받고 있다는 비판의 목소리가 제기되어 왔다. 정부를 이런 문제를 해결하기 위해 현행 2단계 저율과세 방침은 유지하되 당기순이익 차감 항목을 줄이기로 했다.
특히 배당·무상증자 등 잉여금 처분 손비금액과 특수관계인이 일반적인 거래보다 높거나 낮은 금액으로 거래한 부당행위계산액은 당기순이익 차감 항목에서 제외된다.
기획재정부 관계자는 "부당한 조세회피를 방지하고 중소기업 등 일반법인과의 형평성 제고를 위해 특례제도를 손질했다"며 "특수관계자와의 거래를 통한 부당한 과세 회피, 잉여금을 법인 경비로 계산해 당기순이익을 감소시키는 행위 등은 금지된다"고 말했다.
한편 직전사업연도 매출액이 100억원을 초과하는 조합법인의 경우에는 중소기업·비영리법인과 동일하게 특례를 받지 않고 있다.
