법인세 신고시 유의할 사항

• ① 정규증빙 수취대상 계정과목에 대한 원가계상 적정 여부
  재무상태표, 손익계산서, 부속명세서의 계정과목 중 정규증빙 수취대상인 임차료, 수수료, 외주비 등에 대해 정규증빙 없이 과다하게 계상한 경우, 관련 비용에 대하여 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여 등으로 처분한다.
• ② 상품권 과다매입 후 법인의 업무목적 이외의 사용 여부
  법인카드 등으로 상품권을 구입하여 업무목적 이외에 사용하고, 복리후생비, 수수료계정 등으로 회계처리한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등으로 하고, 상품권을 접대의 목적으로 사용한 경우에는 접대비로 계상하고 한도액 시부인 계산하여 한도초과액은 손금불산입 기타사외유출 처분한다.
• ③ 실제 근무하지 않는 대표이사·주주의 가족에 대한 인건비 계상 여부
  실제로 근로를 제공하지 않는 대표이사·주주 등의 가족 등에게 지급한 것으로 처리한 인건비는 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여 등으로 처분한다.
• ④ 업무목적 이외 사용한 경비를 사업소득 지급 등으로 처리 여부
  기업자금을 업무목적 이외의 용도로 유출하고 지급수수료 등으로 계상한 후 실제 용역을 제공하지 않은 친족 등에게 사업소득을 지급한 것으로 처리하여 사업소득지급명세서를 제출한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여 등으로 처분한다.
• ⑤ 유가증권평가손실에 대한 손금불산입
  유가증권평가손실은 법인세법에서 별도로 규정한 경우(주식발행법인의 파산 등) 이외는 미실현손익으로 손금에 산입할 수 없는 것으로, 결산시 계상한 유가증권평가손실에 대하여 손금불산입하고 유보처분한다.
• ⑥ 주식매수선택권 부여에 대한 손금불산입
  기업회계기준은 임직원에게 근무조건에 따라 부여한 주식매수선택권에 대하여 공정가치를 측정하여 용역의 가득기간에 따라 비용처리하도록 하고 있으나 법인세법에서는 주식보상비용(법인세법에서 규정한 성과급 등은 제외)을 잉여금의 처분으로 보아 손금불산입하고 기타처분한다.
• ⑦ 자기주식 보유 및 처분이익에 대한 익금산입
  상법을 위배하여 자기주식을 보유한 경우 업무무관자산에 해당하므로 지급이자 손금불산입하고 세무조정한다.
• ⑧ 해산 등으로 인한 의제배당금액에 대한 익금산입
  법인의 해산, 감자, 합병·분할 또는 잉여금의 자본전입 등으로 주주에게 귀속되는 이익은 의제배당으로 익금산입 후 배당처분한다.
  특히 기업인수 등을 위한 주식 취득 후 주식발행법인의 불균등 감자시 의제배당 여부를 검토하여 익금산입 후 배당처분한다.
• ⑨ 자산 취득시 컨설팅수수료
  타법인 주식, 토지 등 사업용 고정자산 취득에 필요한 자금을 조달하면서 금융기관·증권사로부터 자문, 컨설팅 용역을 제공받고 발생한 금융자문 수수료는 당해 자산의 취득가액에 가산하여야 하므로 손금 계상한 경우에는 손금불산입하고 유보처분한다.
• ⑩ 특허권 등 취득·대여·양도 관련 익금산입
  법인이 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 등을 취득하기 위해 직접 사용된 금액(재료비, 노무비, 무체재산권 설정관련 비용)을 당기 손금으로 계상한 경우 무형자산의 취득에 해당하므로 손금불산입하고 유보처분한다.
• ⑪ 대표이사의 과다보수를 잉여금처분에 의한 상여금으로 보아 손금불산입하는 경우(대법원2015두60884, 2017.09.21.)
  • 가. 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적･계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 종전 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다.
  • 나. 회사는 대표이사 갑에게 월 3,000만원 이하의 보수를 지급하다가, 2005사업연도 중인 2005년 1월부터 월 3억원으로 인상하는 등 2005사업연도에는 합계 30억 7,000만원을 지급하였고, 2006사업연도부터 2009사업연도까지는 매년 36억원을 지급하였다.
    회사가 대표이사 갑에게 2006사업연도부터 2009사업연도까지 지급한 이 사건 보수는 특별한 사정이 없는 한 대표이사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입의 대상이 된다고 보아야 한다.
  • 다. 해당 임원 갑은 대표이사 및 주주로서 회사에서 자신의 보수를 별다른 제약없이 자유롭게 정할 수 있는 지위에 있고, 다른 임원들과는 달리 기본급, 수당 등 보수의 구성항목이 정하여져 있는 연봉계약서를 작성한 사실도 없다.
    2005사업연도 내지 2009사업연도 중 대표이사 갑의 보수를 차감하기 전 회사의 영업이익에서 대표이사 갑의 보수가 차지하는 비율은 약 38% 내지 95%에 달하여 동종업체의 평균 수치인 5% 내지 9%에 비하여 비정상적으로 높다.
    대표이사 갑의 보수는 같은 기간의 또 다른 대표이사와 이사의 보수(연 7,000만원)의 약 50배에 달하고, 원고와 사업규모가 유사한 동종업체 중 상위 3개 업체의 대표이사들의 평균 연봉(약 5억원에서 8억원)과도 현격한 차이를 보이고 있다.
    대표이사 갑의 보수는 영업이 적자 상태였던 2004사업연도까지는 월 3,000만원 이하였으나, 최초로 영업이익이 발생하여 증가하기 시작한 2005사업연도 중인 2005년 1월부터 갑작스럽게 월 3억원으로 10배가 인상되었다. 한편 2005사업연도 말인 2005.3.31.에는 별다른 이유 없이 19억원이 별도의 보수로 책정되었고, 월 보수금 중 상당부분이 인건비로 계상된 때로부터 1, 2년 뒤에야 실제로 지급되었다.
    회사는 설립 이래 지속적인 영업이익의 증가에도 불구하고, 단 한 번도 주주에게 배당금을 지급한 바 없다.
    회사의 직원이 작성한 내부 문건 등에 의하면 ‘세금 절약을 위하여 미지급이 가능한 사장의 급료를 높인다’는 취지로 기재되어 있고, 본래의 당기순이익에 따른 법인세와 대표이사의 보수금 수준별로 차감된 당기순이익에 따른 법인세를 비교･검토하였던 점 등에 비추어, 대표이사 갑의 보수를 전액 손금으로 인정받아 법인세 부담을 줄이려는 주관적 의도가 뚜렷해 보인다.