결손금 소급공제로 과다 환급한 세액 환수처분은 '부과처분'

대법원은 최근 부당한 결손금 소급공제로 지급된 '환급세액과 그 이자 상당액을 2006 사업연도 법인세로 경정·고지한 사안'에서, "위 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당하고 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다"라고 판단하였다.

법인세와 소득세는 일정한 기간 동안 발생한 소득을 과세표준으로 하고 있다. 어느 과세기간에 손실이 발생하고, 그 다음 과세기간에 소득이 발생하면 전에 발생한 손실을 차감하여 과세표준을 계산한다.

순서를 바꾸어 어느 과세기간에 소득이 발생하여 법인세 또는 소득세를 납부한 후, 그 다음 과세기간에 손실이 발생한 경우에도 이 손실을 그 전 과세기간의 과세표준 계산에 반영하여 납부한 법인세 또는 소득세를 환급받을 수 있다. 이를 결손금 소급공제라고 한다. 이 규정은 중소기업에 한하여 적용된다.

납세의무자가 결손금 소급공제에 따라 결손금에 상당하는 세액을 환급받았으나, 그 환급이 당초부터 부당하거나 사후적으로 부당하게 된 경우에는 지급된 환급세액을 환수할 필요가 있다.

대상 판결에서는 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액이 경정됨으로써 환급세액이 감소된 경우에 대한 것이다.

2006 사업연도에 결손금이 발생하여 2005 사업연도에 납부한 법인세액 중 결손금에 상응하는 세액을 환급받았는데, 나중에 2005 사업연도의 법인세액이 경정으로 감소한 경우 결손금 소급공제로 환급받은 세액이 과다하게 된다. 과다하게 환급받은 세액의 납부를 고지하는 고지서의 성격이 이 사건에서 쟁점이 되었다.

납세자는 이 고지서를 납부하여야 할 세액을 확정하는 부과처분으로 보았다. 과세관청은 일정한 기한 내에서 부과처분을 할 수 있는데, 그 기한이 지났으므로 무효인 처분이라는 주장이다. 반면, 과세관청은 확정되어 있는 세액의 납부를 요구하는 징수처분으로 보았다. 결손금 소급공제로 환급받은 세액이 과다하게 된 시점부터 소멸시효 기간내에 과세관청이 징수할 수 있는 것으로 보았다.

과세관청이 납세자로부터 세금을 걷는 과정은 다음과 같다. 납세의무가 성립한 후, 납부하여야 할 세액이 얼마인지를 확정하는 절차가 필요하다. 이러한 확정은 납세의무자가 스스로 하는 경우도 있고, 납세의무자가 이를 하지 않으면 과세관청이 부과처분으로 할 수도 있다. 이러한 부과처분은 일정한 기한 내에서 가능하다. 납부할 세액이 확정되었는데도, 납세자가 세액을 납부하지 않으면 과세관청이 징수처분을 한다. 징수처분에 납세자가 스스로 납부하거나, 그렇지 않으면 강제징수절차에 들어가게 된다.

대상 판결은 과세관청의 결손금 소급공제 과다 환급에 따른 2006 사업연도의 법인세 추징은 부과 및 징수 처분에 해당한다고 판단하였다. 따라서 과세처분이 무효인 것으로 판단하였다.

법인세 납부의무는 관할세무서장이 직전 사업연도 법인세액의 감소 등 그 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 재결정한 후 과다환급세액 및 그에 대한 이자 상당액을 계산하여 세액을 확정하는 절차를 거쳐야 비로소 구체적 조세채무로 확정된다고 본 것이다.

따라서 부당한 결손금 소급공제로 지급된 환급세액을 법인세법에 따라 환수하는 처분은 '부과 및 징수'처분에 해당한다고 판단하였다.

대상판결은 법인세법에 따른 부당 환급금 환수처분이 부과처분과 징수처분으로서의 성격을 모두 갖는다는 점을 명확히 하였다는 점에서 의의가 있고, 조세채무·채권 관계가 구체적으로 확정되어야 이를 납부 또는 징수할 수 있다는 세법의 기본 이념에 비추어 볼 때 타당한 판결이라고 보여진다. 대법원 2022. 11. 17. 선고 2019두51512 판결